可乐

DOI:10.18129 / B9.bioc.cola

这是发展可乐的版本;稳定版请参见可乐．

共识划分框架

Bioconductor版本:开发(3.16)

亚群分类是基因组数据分析，特别是基因表达和DNA甲基化数据分析的基本任务。它也可以用来测试与已知临床注释的一致性，或测试是否存在显著的批效应。cola包通过共识划分为子组分类提供了一个通用框架。它有以下特点:1.;它模块化了共识划分过程，可以很容易地集成各种方法。2.它为解释结果提供了丰富的可视化。3.它允许同时运行多个方法，并提供直接比较结果的功能。4. It provides a new method to extract features which are more efficient to separate subgroups. 5. It automatically generates detailed reports for the complete analysis. 6. It allows applying consensus partitioning in a hierarchical manner.

作者:顾祖光

维护者:祖光谷

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("cola")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“可乐”)

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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，聚类，GeneExpression，软件
版本	tripwire
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	grDevices，图形，网格，统计，utils，ComplexHeatmap2.5.4 (> =)matrixStats，GetoptLong，circlize(> = 0.4.7),GlobalOptions(> = 0.1.0),线索平行,RColorBrewer，集群，skmeans，png，mclust，蜡笔、方法、xml2，微基准测试，httr，knitr，减价，消化，嫁祸于，酿造，Rcpp(> = 0.11.0)它,BiocGenerics，eulerr，foreach，doParallel，irlba
链接	Rcpp
建议	genefilter，mvtnorm，testthat(> = 0.3),samr，pamr，kohonen，NMF，WGCNA，Rtsne，umap，clusterProfiler，ReactomePA，剂量，AnnotationDbi，gplots，hu6800.db，BiocManager，data.tree，dendextend，彩色，rmarkdown，simplifyEnrichment，cowplot，flexclust，randomForest，e1071
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jokergoo/colahttps://jokergoo.github.io/cola_collection/
全靠我
进口我
建议我	InteractiveComplexHeatmap，simplifyEnrichment
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	cola_2.3.0.tar.gz
Windows二进制	cola_2.3.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	cola_2.3.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cola
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cola
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/cola/
软件包下载报告	下载数据