CPVSNP

doi：10.18129/b9.bioc.cpvsnp

这是发展CPVSNP的版本;对于稳定版本，请参阅CPVSNP。

SNP关联p值的基因集分析方法，位于给定基因集中的基因

生物导体版本：开发（3.16）

存在基因集分析方法将SNP级关联p值组合为基因集，从而计算每个基因集的单个缔合p值。该软件包实现了仅需要计算出的SNP P值，感兴趣的基因集和相关矩阵（如果需要）的两种此类方法。一种方法（Glossi）需要独立的SNP，另一种（Vegas）可以考虑SNP之间的相关性（LD）。内置的绘图功能可帮助用户可视化结果。

作者：凯特琳·麦克休，杰西卡·拉尔森和杰森·哈克尼

维护者：caitlin mchugh

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ cpvsnp”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

BrowseVignettes（“ CPVSNP”）

PDF	R脚本	使用“ CPVSNP”软件包运行基因集分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	基因烯，，，，遗传学，，，，基因组变量，，，，途径，，，，软件，，，，统计信息
版本	1.29.0
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（7年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.5.0），GenomicFeatures，，，，gseabase（> = 1.24.0）
进口	方法，公司，，，，生物比较，，，，GGPLOT2，，，，plyr
链接
建议	txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，运行，，，，生物基因，，，，报告工具，，，，生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cpvsnp_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	cpvsnp_1.29.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	cpvsnp_1.29.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cpvsnp
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/cpvsnp
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/cpvsnp/
软件包下载报告	下载统计