crisprBowtie

DOI:10.18129 / B9.bioc.crisprBowtie

这是发展crisprBowtie版;稳定版请参见crisprBowtie．

基于bowtie的CRISPR gRNA间隔序列比对

Bioconductor版本:开发(3.16)

提供了一个用户友好的界面，使用领结来映射CRISPR gRNA间隔序列的靶上和脱靶。这种比对是快速的，可以使用常用的或定制的CRISPR核酸酶进行。这种比对可以用于任何参考或自定义基因组。同时支持DNA和rna靶向核酸酶。

作者:Jean-Philippe Fortin [aut, cre]

维护人员:Jean-Philippe Fortin

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("crisprBowtie")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“crisprBowtie”)

超文本标记语言	R脚本	crisprBowtie介绍
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，CRISPR，FunctionalGenomics，软件
版本	1.1.1
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	方法
进口	BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，crisprBase(> = 0.99.15),GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，Rbowtie，readr统计数据,stringr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Jfortin1/crisprBowtie
BugReports	https://github.com/Jfortin1/crisprBowtie/issues
全靠我
进口我	crisprDesign，crisprVerse
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	crisprBowtie_1.1.1.tar.gz
Windows二进制	crisprBowtie_1.1.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	crisprBowtie_1.1.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprBowtie
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/crisprBowtie
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/crisprBowtie/
软件包下载报告	下载数据