ctggem

doi：10.18129/b9.bioc.ctggem

这个包是弃用。它可能会从生物导体中取出。请参考包装终止指南了解更多信息。

这是发展CTGGEM的版本；对于稳定版本，请参阅ctggem。

从基因表达数据生成树层次结构可视化

生物导体版本：开发（3.16）

用于基因表达矩阵（CTGGEM）的细胞树发生器简化了从多个现有工具的单细胞基因表达数据中构建细胞态层次结构，以提高可比性和可重复性。它支持单镜，Celltree，TSCAN，SINCELL和DESTINY的伪序列排序算法和可视化工具，并提供了一种统一的输出格式，以与下游数据分析工作流程和细胞尺度集成在一起。

作者：Mark Block [AUT]，Carrie Minette [AUT]，Evgeni Radichev [aut]，Etienne Gnimpieba [aut]，Mariah Hoffman [aut]，USD BioMedical Engineering [AUT，CRE]

维护者：USD生物医学工程

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ ctggem”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

PDF		参考手册

细节

生物浏览	聚类，，，，DataImport，，，，差异性，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，多重组合，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，可视化
版本	1.9.1
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	GPL（> = 2）
要看	单片，，，，总结性特征
进口	生物酶，，，，生物基因，图形，grdevices，Igraph，，，，矩阵，方法，utils，辛克尔，，，，TSCAN
链接
建议	生物使用，，，，Biomart，，，，hsmmsinglecell，，，，irlba，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，VGAM
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ctggem
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/ctggem
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/ctggem/
软件包下载报告	下载统计