DCE

doi：10.18129/b9.bioc.dce

这是发展DCE的版本；对于稳定版本，请参阅DCE。

基于差异因果效应的途径富集

生物导体版本：开发（3.16）

计算差异因果效应（DCE）对（生物学）网络。鉴于来自对照实验的观察样品和两个基因A和B的非控制性（例如癌症），我们可以通过A（广义）线性回归来计算差异因果效应。如果基因A对照样品中基因B的因果作用与非控制样品中的因果作用不同，则DCE将与零不同。我们通过从kegg等路径数据库中包含先前的网络信息来使DCE计算正规化。

作者：Kim Philipp Jablonski [AUT，CRE]，Martin Pirkl [AUT]

维护者：gmail.com> kim philipp jablonski

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ dce”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

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Browsevignettes（“ DCE”）

html	R脚本	开始
html	R脚本	路径网络数据库的概述
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	差异性，，，，基因表达，，，，GraphandNetwork，，，，kegg，，，，网络，，，，NetworkEnrichment，，，，回归，，，，软件，，，，统计信息
版本	1.5.1
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1）
进口	统计，方法，断言，，，，图形，，，，PCALG，，，，purrr，，，，平淡无奇，，，，矩阵，，，，ggraph，，，，整理图，，，，GGPLOT2，，，，rlang，，，，expm，，，，大量的，，，，EDGER，，，，Epinem，，，，Igraph，，，，代码，，，，mnem，，，，Naturalsort，，，，ppcor，，，，GLM2，，，，石墨，，，，RESHAPE2，，，，dplyr，，，，马格里特，，，，胶水，，，，rgraphviz，，，，谐波，，，，org.hs.eg.db，，，，记录器，，，，阴影文本
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试（> = 2.1.0），生物使用，，，，格式，，，，牛仔图，，，，ggplotify，，，，dagitty，，，，lmtest，，，，三明治，，，，DevTools，，，，策展，，，，tcgautils，，，，总结性特征，，，，rcppparallel，，，，docopt，，，，狂欢
系统要求
增强
URL	https://github.com/cbg-ethz/dce
BugReports	https://github.com/cbg-ethz/dce/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	dce_1.5.1.tar.gz
Windows二进制	dce_1.5.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	dce_1.5.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dce
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/dce
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/dce/
软件包下载报告	下载统计