dearseq

doi：10.18129/b9.bioc.dearseq

这是发展DearSeq的版本；对于稳定版本，请参阅dearseq。

RNA-seq数据的差异表达分析通过可靠的方差组件测试

生物导体版本：开发（3.16）

差异表达分析RNA-seq数据具有方差成分得分测试测试通过精确权重的数据异质性。同时执行基因和基因集分析，并可以处理重复或纵向数据。方法详细介绍了：i）Agniel D＆Hejblum BP（2017）纵向RNA-SEQ数据的时间课程基因集分析，生物统计学，生物统计学，18（4）：589-604；和II）Gauthier M，Agniel D，ThiébautR＆Hejblum BP（2020）DearSeq：RNA-SEQ差异分析的方差分量分数测试，可有效控制错误的发现率，NAR基因组学和生物信息学，2（4）：2（4）：LQAA093。

作者：Denis Agniel [AUT]，Boris P. Hejblum [AUT，CRE]，Marine Gauthier [AUT]，MélanieHuchon [CTB]

维护者：boris P.

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ dearseq”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ dearseq”）

html	R脚本	dearsequserguide
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	生物医学信息学，，，，细胞生物学，，，，dnaseq，，，，差异性，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，免疫学，，，，kegg，，，，rnaseq，，，，回归，，，，测序，，，，软件，，，，系统生物学，，，，时间科，，，，转录，，，，转录组学
版本	1.9.1
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	GPL-2 |文件执照
要看	R（> = 3.6.0）
进口	组合，，，，dplyr，，，，GGPLOT2，，，，克恩斯门茶，，，，马格里特，，，，矩阵， 方法，拼布， 平行，pbapply，，，，RESHAPE2，，，，rlang，统计Statmod，，，，民意调查，，，，蒂布尔，，，，Viridislite
链接
建议	生物酶，，，，生物管理器，，，，生物群，，，，EDGER，，，，deseq2，，，，地球，，，，GSA，，，，尼特，，，，林玛，，，，readxl，，，，rmarkDown，，，，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，测试，，，，COVR
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/borishejblum/dearseq/issues
取决于我
进口我
建议我	TCGSA
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	dearseq_1.9.1.tar.gz
Windows二进制	dearseq_1.9.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	dearseq_1.9.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dearseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/dearseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/dearseq/
软件包下载报告	下载统计