Demptumor2sig

doi：10.18129/b9.bioc.decomptumor2sig

这是发展Demptumor2sig的版本;对于稳定版本，请参阅Demptumor2sig。

通过签名改装将单个肿瘤分解为突变特征

生物导体版本：开发（3.16）

使用二次编程进行签名改装，即，将突变目录从单个肿瘤样品中分解为一组给定的突变特征（Alexandrov-Model特征或Shiraishi-Model特征），以计算反映对签名贡献的重量的计算肿瘤的突变负荷。

作者：Rosario M. Piro [AUT，CRE]，Sandra Krueger [CTB]

维护者：Rosario M. Piro

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: install（version（version ='devel'）biocmanager :: install（“ demptumor2sig”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ demptumor2sig”）

html	R脚本	简介Demptumor2sig
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	生物问题，，，，生物医学信息学，，，，dnaseq，，，，遗传学，，，，基因组变量，，，，SNP，，，，测序，，，，软件，，，，somaticmmut，，，，统计信息
版本	2.13.1
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（3年）
执照	GPL-2
要看	r（> = 4.0），GGPLOT2
进口	方法，矩阵，，，，Quadprog（> = 1.5-5），基因组机，统计GenomicFeatures，，，，生物弦，，，，生物基因，，，，S4VECTORS，，，，plyr，utils，图形，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，变体，，，，总结性特征，，，，ggseqlogo，，，，栅格，，，，Data.Table，，，，GenomeInfodB，，，，readxl
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用
系统要求
增强
URL	http://rmpiro.net/decomptumor2sig/https://github.com/rmpiro/decomptumor2sig
BugReports	https://github.com/rmpiro/decomptumor2sig/issues
取决于我
进口我	Musicatk
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	demptumor2sig_2.13.1.tar.gz
Windows二进制	demptumor2sig_2.13.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	demptumor2sig_2.13.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decomptumor2sig
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/demptumor2sig
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/decomptumor2sig/
软件包下载报告	下载统计