解耦

DOI:10.18129 / B9.bioc.decoupleR

这是发展版本的解耦;稳定发布版本请参见解耦．

解耦器:从组学数据中推断生物活性的计算方法的集合

Bioconductor版本:开发(3.16)

许多方法允许我们利用先验知识资源的信息从组学数据中提取生物活动，降低维度以增加统计能力和更好的解释性。在这里，我们提出了耦耦器，一个生物导体包，包含不同的统计方法，以在统一的框架内提取这些签名。去耦器允许用户用任何资源灵活地测试任何方法。它包含了考虑网络交互的符号和权重的方法。解耦器可以用于任何组学，只要它的特征可以与基于先验知识的生物过程联系起来。例如，在转录组学中，由转录因子调节的基因集，或在磷酸化蛋白质组学中，由激酶靶向的磷酸位点。

作者:Pau Badia-i-Mompel [aut, cre]， Jesús Vélez-Santiago [aut]， Jana brunger [au]， Celina Geiss [au]，丹尼尔·迪米特洛夫[au]，索菲亚Müller-Dott [aut]， Petr Taus [aut]， Aurélien Dugourd [aut]， Christian H. Holland [au]， Ricardo O. Ramirez Flores [au]，胡里奥·塞兹-罗德里格斯[au]

维护者:Pau Badia-i-Mompel < Pau。十二月在uni-heidelberg.de >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" decopler ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“脱钩”)

超文本标记语言	R脚本	简介
超文本标记语言	R脚本	来自scRNA-seq的通路活性活性推断
超文本标记语言	R脚本	体RNA-seq中的通路活性推断
超文本标记语言	R脚本	从scRNA-seq推断转录因子活性
超文本标记语言	R脚本	体RNA-seq中转录因子活性的推断
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneRegulation，网络，软件，StatisticalMethod，转录
版本	2.3.2
Bioconductor自	BioC 2.4 (R-2.9)(13.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	扫帚，dplyr，magrittr，矩阵，purrr，rlang统计数据,stringr，宠物猫，tidyr，tidyselect，withr
链接
建议	glmnet(> = 4.1.0),GSVA，毒蛇，fgsea(> = 1.15.4),AUCell，SummarizedExperiment，rpart，管理员，BiocStyle，covr，knitr，pkgdown，RefManageR，rmarkdown，roxygen2，sessioninfo，pheatmap，testthat，OmnipathR，修拉，ggplot2，ggrepel，拼接而成
SystemRequirements
增强了
URL	https://saezlab.github.io/decoupleR/
BugReports	https://github.com/saezlab/decoupleR/issues
取决于我
进口我	后代
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	decoupleR_2.3.2.tar.gz
Windows二进制	decoupleR_2.3.2.zip
macOS二进制(x86_64)	decoupleR_2.3.2.tgz
macOS二进制(arm64)	decoupleR_2.3.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decoupleR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/解耦
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/decoupleR/
包下载报告	下载数据