Diffhic

doi：10.18129/b9.bioc.diffhic

这是发展Diffhic的版本；对于稳定版本，请参阅Diffhic。

HI-C数据的差分分析

生物导体版本：开发（3.16）

在HI-C实验中检测跨生物条件的差异相互作用。提供了用于读取和数据进行的读取和数据进行交互计数的方法。统计分析基于EDGER，并支持归一化和过滤。还提供了几种可视化选项。

作者：Aaron Lun [AUT，CRE]，Gordon Smyth [aut]

维护者：aaron lun

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ diffhic”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ diffhic”）

PDF		Diffhic Vignette
PDF		diffhicusersguide.pdf
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	结盟，，，，聚类，，，，覆盖范围，，，，嗝，，，，多重组合，，，，正常化，，，，预处理，，，，测序，，，，软件
版本	1.29.0
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（7年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.5），基因组机，，，，互动集，，，，总结性特征
进口	rsamtools，，，，Rhtslib，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，RHDF5，，，，EDGER，，，，林玛，，，，CSAW，，，，Locfit， 方法，iranges，，，，S4VECTORS，，，，GenomeInfodB，，，，生物基因，grdevices，图形，统计，utils，RCPP，，，，rtracklayer
链接	Rhtslib（> = 1.13.1），Zlibbioc，，，，RCPP
建议	bsgenome.ecoli.ncbi.20080805，矩阵，，，，测试
系统要求	C ++ 11，GNU制作
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	diffhic_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	diffhic_1.29.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	diffhic_1.29.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffhic
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/diffhic
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/diffhic/
软件包下载报告	下载统计