DMRSEQ

doi：10.18129/b9.bioc.dmrseq

这是发展DMRSEQ的版本;对于稳定版本，请参阅DMRSEQ。

从整个基因组亚硫酸盐测序中检测和推断差异甲基化区域

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包实现了一种扫描基因组的方法，以检测并从整个基因组亚硫酸盐测序数据中对差异甲基化区域进行准确推断。该方法基于将检测到的区域与汇总的无效分布进行比较，即使每个人群可获得最少的两个样本，也可以实施。通过将广义的最小二乘（GLS）回归模型与嵌套自回归相关误差结构拟合，从而获得区域级统计，从而获得了感兴趣对转化甲基化比例的影响。

作者：Keegan Korthauer [CRE，AUT]，Rafael Irizarry [AUT]，Yuval Benjamini [aut]，Sutirtha Chakraborty [aut]

维护者：Keegan Korthauer

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ dmrseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ dmrseq”）

html	R脚本	用DMRSEQ分析Bisulfite-Seq数据
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，差甲基化，，，，表观遗传学，，，，功能基因组学，，，，免疫学，，，，多重组合，，，，回归，，，，测序，，，，软件，，，，全媒体
版本	1.17.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（4年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 3.5），BSSEQ
进口	基因组机，，，，nlme，，，，GGPLOT2，，，，S4VECTORS，，，，rcolorbrewer，，，，Bumphunter，，，，延迟的matrixstats（> = 1.1.13），矩阵，，，，生物比较，，，，异常值， 方法，Locfit，，，，iranges，grdevices，图形，统计，utils，Annotatr，，，，AnnotationHub，，，，rtracklayer，，，，GenomeInfodB，花键
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我	饼干
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	dmrseq_1.17.0.0.tar.gz
Windows二进制	DMRSEQ_1.17.0.ZIP
MacOS 10.13（高山脉）	dmrseq_1.17.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dmrseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/dmrseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/dmrseq/
软件包下载报告	下载统计