更轻松

doi：10.18129/b9.bioc.easier

这是发展更轻松的版本；对于稳定版本，请参阅更轻松。

估计系统免疫反应来自RNA-seq数据

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包提供了用于使用更轻松的工具的工作流程，以评估患者对ICB疗法的可能性，从而仅提供患者的RNA-Seq数据作为输入。我们将RNA-SEQ数据与不同类型的先验知识集成在一起，以从几个角度提取肿瘤微环境的定量描述，包括免疫库的组成以及细胞内和细胞外通信的活性。然后，我们使用在TCGA数据中训练的多任务机学习来确定这些描述符如何同时预测抗癌免疫反应的几个最新标志。通过这种方式，我们得出了癌症特异性模型，并确定了免疫反应的癌症特异性系统。这些生物标志物已在文献中得到了实验验证，并且使用独立数据集构成了四种不同的癌症类型，并用抗PD1或抗PDL1治疗的患者对预测的性能进行了验证。

作者：Oscar Lapuente-Santana [AUT，CRE]，费德里科·马里尼[AUT]，Arsenij ustjanzew [aut]，Francesca Finotello [aut]，Federica Eduati [aut]

维护者：Oscar Lapuente-Santana

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ cipply”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“更轻松”）

html	R脚本	更容易的用户手册
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	生物医学信息学，，，，分类，，，，表观遗传学，，，，PersubimentHubsoftware，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，免疫学，，，，途径，，，，回归，，，，软件，，，，系统生物学，，，，转录
版本	1.3.0
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（1年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 4.1.0）
进口	后代，，，，更轻松的数据，，，，多萝西娅（> = 1.0.0），Quantiseqr，，，，rocr，grdevices，统计，图形，GGPLOT2， 网格，deseq2，utils，dplyr，，，，矩阵，，，，rlang，，，，阿鲁斯，，，，生物比较，，，，RESHAPE2，，，，rstatix，，，，Ggrepel，，，，硬币
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，测试，，，，总结性特征
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	lisepe_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	lisepe_1.3.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	liffe_1.3.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/aseier
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/更容易
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/easier/
软件包下载报告	下载统计