EasyRnaseq

doi：10.18129/b9.bioc.easyrnaseq

这是发展easyrnaseq的版本;对于稳定版本，请参阅EasyRnaseq。

RNA-SEQ数据的计数摘要和归一化

生物导体版本：开发（3.16）

计算高通量短阅读对参考基因组的覆盖范围，并根据感兴趣的特征总结其（例如外显子，基因，转录本）。数据可以标准化为“ RPKM”或“ DESEQ”或“ EDGER”软件包。

作者：Nicolas Delhomme，Ismael Padioleau，Bastian Schiffthaler，Niklas Maehler

维护者：umu.se>> nicolas delhomme

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ easyrnaseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ easyrnaseq”）

html	R脚本	Genenetworkr
PDF	R脚本	用于高通量序列分析的R / Bioconductor
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	基因表达，，，，遗传学，，，，免疫学，，，，预处理，，，，rnaseq，，，，软件
版本	2.33.0
在生物导体中	Bioc 2.10（R-2.15）（10年）
执照	艺术2.0
要看
进口	生物酶（> = 2.50.0），Biocfilecache（> = 1.14.0），生物基因（> = 0.36.0），生物比较（> = 1.24.1），Biomart（> = 2.46.0），生物弦（> = 2.58.0），EDGER（> = 3.32.0），GenomeInfodB（> = 1.26.0），基因组合（> = 1.46.0），基因组签名（> = 1.26.0），基因组机（> = 1.42.0），总结性特征（> = 1.20.0），图形，iranges（> = 2.24.0），LSD（> = 4.1-0），Locfit，方法，并行，Rappdirs（> = 0.3.1），rsamtools（> = 2.6.0），S4VECTORS（> = 0.28.0），Shortread（> = 1.48.0），UTILS
链接
建议	生物使用（> = 2.18.0），BSGENOME（> = 1.58.0），bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3（> = 1.4.0），卷曲，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，运行（> = 0.4.32）
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我	MSGBSR
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	easyrnaseq_2.33.0.tar.gz
Windows二进制	easyrnaseq_2.33.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	easyrnaseq_2.33.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easyrnaseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/easyrnaseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/easyrnaseq/
软件包下载报告	下载统计