enrichTF

DOI:10.18129 / B9.bioc.enrichTF

这是发展版本的enrichTF;稳定版请参见enrichTF．

转录因子富集分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

转录因子(transcription factors, TF)通过单独或组合的方式与基因组结合，在调控转录过程中起着至关重要的作用，TF富集分析是从一组实验确定的调控区域中定位候选功能TF的有效而重要的方法。虽然人们普遍认为结构相关的TF可能对序列具有相似的结合偏好(即基序)，并且一个TF可能具有多个基序，但TF富集分析比基序富集分析更具挑战性。在这里，我们提出了一个结合了motif富集和PECA模型的TF富集分析R包。

作者:郑伟，扎那·杜仁，马世宁

维护者:郑伟

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("enrichTF")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“enrichTF”)

超文本标记语言	R脚本	rich htf简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneTarget，GraphAndNetwork，MotifAnnotation，软件，转录
版本	1.13.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	pipeFrame
进口	BSgenome，rtracklayer，motifmatchr，TFBSTools，R.utils，方法，JASPAR2018，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，BiocGenerics，S4Vectors， utils，并行，统计，ggpubr，heatmap3，ggplot2，clusterProfiler，rmarkdowngrDevices,magrittr
链接
建议	knitr，testthat，webshot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/wzthu/enrichTF
BugReports	https://github.com/wzthu/enrichTF/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	enrichTF_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	enrichTF_1.13.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	enrichTF_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enrichTF
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/enrichTF
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/enrichTF/
软件包下载报告	下载数据