epideCoder

doi:10.18129/b9.bioc.epidecoder

这是发展EpideCoder的版本;对于稳定版本,请参阅epideCoder

epideCoder:表观遗传和表面转录法调节的功能探索工具

生物导体版本:开发(3.16)

EpideCoder是一个包装,能够分析DNA/RNA表观遗传化学修饰程度对基因或蛋白质失调的影响。该软件包整合了从奇异基因组或表面转录组产生的化学修饰数据,例如chip-seq,atac-seq,m6a-seq等,以及以差异基因表达,核糖体占用率或差异蛋白质翻译和差异蛋白质翻译和差异蛋白质的转换和差异蛋白质占用的形式和失调的基因列表确定由于与基因相关的化学修饰程度不同而引起的基因失调的影响。EpideCoder生成累积分布函数(CDF)图,显示了基因之间基于与基因相关的修饰程度分为组的总体log2fc趋势的变化。该工具还测试了基因组之间log2fc差异的显着性。

作者:Kandarp Joshi [Aut,Cre],Dan Ohtan Wang [AUT]

维护者:kandarp joshi

引用(从r内,输入引用(“ epideCoder”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ epideCoder”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ EpideCoder”)

html R脚本 epideCoder:表观遗传和表面转录法调节的功能探索工具
PDF 参考手册

细节

生物浏览 芯片奇普,,,,差异性,,,,表观遗传学,,,,表面参考组学,,,,功能基因组学,,,,功能性预测,,,,基因表达,,,,结肠管制,,,,历史化,,,,软件,,,,系统生物学,,,,转录,,,,转录组学
版本 1.5.0
在生物导体中 Bioc 3.13(R-4.1)(1。5年)
执照 GPL-3
要看 R(> = 3.1.0)
进口 环境,,,,GGPLOT2,,,,rtracklayer,,,,基因组机,,,,iranges,,,,rstatix,,,,ggpubr,方法,统计,utils,dplyr
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL https://github.com/kandarprj/epidecoderhttps://epidecoder.shinyapps.io/shinyapp
BugReports https://github.com/kandarprj/epidecoder/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 EpideCoder_1.5.0.tar.gz
Windows二进制 epideCoder_1.5.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) EpideCoder_1.5.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epidecoder
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/epideCoder
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/epidecoder/
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