Epigrahmm

doi：10.18129/b9.bioc.epigrahmm

这是发展Epigrahmm的版本；对于稳定版本，请参阅Epigrahmm。

基于隐藏的马尔可夫模型的基于表观基因组R的分析

生物导体版本：开发（3.16）

Epigrahmm提供了一组工具，用于基于隐藏的马尔可夫模型分析表观基因组数据。它包含两个独立的峰呼叫者，一个用于生物学或技术重复的共识峰，另一个用于来自多重复制多条件实验的差异峰。在差异峰值中，Epigrahmm提供了与各种条件跨条件的所有可能组合模式相关的窗口特异性后验概率。

作者：Pedro Baldoni [AUT，CRE]

维护者：pedro baldoni

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ epigrahmm”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Epigrahmm”）

html	R脚本	与Epigrahmm的共识和差分峰值
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	Atacseq，，，，chipseq，，，，DNASESEQ，，，，表观遗传学，，，，HiddenMarkovModel，，，，软件
版本	1.5.0
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 3.5.0）
进口	RCPP，，，，马格里特，，，，Data.Table，，，，总结性特征， 方法，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，rtracklayer，，，，iranges，，，，rsamtools，，，，bamsignals，，，，CSAW，，，，S4VECTORS，，，，林玛，统计Rhdf5lib，，，，RHDF5，，，，矩阵，，，，大量的，，，，秤，，，，ggpubr，，，，GGPLOT2，，，，Greylistchip，，，，pheatmap，grdevices
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo，，，，Rhdf5lib
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn4，，，，GCAPC，，，，Chromstardata
系统要求	gnu做
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Epigrahmm_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	Epigrahmm_1.5.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Epigrahmm_1.5.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epigrahmm
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/epigrahmm
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/epigrahmm/
软件包下载报告	下载统计