Exomepeak2

doi:10.18129/b9.bioc.exomepeak2

这是发展ExomePeak2的版本;对于稳定版本,请参阅Exomepeak2

Merip-Seq的峰值通话和差分分析

生物导体版本:开发(3.16)

ExomePeak2提供了甲基化RNA免疫沉淀测序(MERIP-SEQ)数据的峰值检测和差异甲基化数据。Merip-Seq是一种常用的测序测定法,可在特定细胞条件下测量RNA修饰位点的位置和丰度。实际上,该技术对NGS数据中常见的PCR扩增偏差敏感。另外,免疫沉淀的效率通常在不同的IP样品之间变化。ExomePeak2可以执行峰值调用和差分分析,而与GC内容偏置和IP效率更改无关。

作者:Zhen Wei [AUT,CRE]

维护者:zhen wei

引用(从r内,输入引用(“ ExomePeak2”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version ='devel')biocmanager :: install(“ exomeomepeak2”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ ExomePeak2”)

html R脚本 ExomePeak2用户指南
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 覆盖范围,,,,差甲基化,,,,差异词,,,,甲基,,,,峰值探测,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件
版本 1.9.1
在生物导体中 Bioc 3.11(R-4.0)(2年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 3.5.0),总结性特征
进口 rsamtools,,,,基因组签名,,,,基因组机,,,,GenomicFeatures,,,,deseq2,,,,GGPLOT2,,,,mclust,,,,BSGENOME,,,,生物弦,,,,GenomeInfodB,,,,生物比较,,,,iranges,,,,S4VECTORS,,,,rtracklayer,方法,统计,utils,生物基因,,,,马格里特,,,,Speedglm,花键
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL
BugReports https://github.com/zw-xjtlu/exomepeak2/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 exomepeak2_1.9.1.tar.gz
Windows二进制 exomepeak2_1.9.1.1.zip
MacOS 10.13(高山脉) ExomePeak2_1.9.1.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomepeak2
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/exomepeak2
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/exomepeak2/
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