这是发展ExomePeak2的版本;对于稳定版本,请参阅Exomepeak2。
生物导体版本:开发(3.16)
ExomePeak2提供了甲基化RNA免疫沉淀测序(MERIP-SEQ)数据的峰值检测和差异甲基化数据。Merip-Seq是一种常用的测序测定法,可在特定细胞条件下测量RNA修饰位点的位置和丰度。实际上,该技术对NGS数据中常见的PCR扩增偏差敏感。另外,免疫沉淀的效率通常在不同的IP样品之间变化。ExomePeak2可以执行峰值调用和差分分析,而与GC内容偏置和IP效率更改无关。
作者:Zhen Wei [AUT,CRE]
维护者:zhen wei
引用(从r内,输入引用(“ ExomePeak2”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:
if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version ='devel')biocmanager :: install(“ exomeomepeak2”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ ExomePeak2”)
html | R脚本 | ExomePeak2用户指南 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 覆盖范围,,,,差甲基化,,,,差异词,,,,甲基,,,,峰值探测,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.9.1 |
在生物导体中 | Bioc 3.11(R-4.0)(2年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | r(> = 3.5.0),总结性特征 |
进口 | rsamtools,,,,基因组签名,,,,基因组机,,,,GenomicFeatures,,,,deseq2,,,,GGPLOT2,,,,mclust,,,,BSGENOME,,,,生物弦,,,,GenomeInfodB,,,,生物比较,,,,iranges,,,,S4VECTORS,,,,rtracklayer,方法,统计,utils,生物基因,,,,马格里特,,,,Speedglm,花键 |
链接 | |
建议 | 尼特,,,,rmarkDown |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/zw-xjtlu/exomepeak2/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | exomepeak2_1.9.1.tar.gz |
Windows二进制 | exomepeak2_1.9.1.1.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | ExomePeak2_1.9.1.1.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomepeak2 |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/exomepeak2 |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/exomepeak2/ |
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