Famat

doi：10.18129/b9.bioc.famat

这是发展Famat的版本；对于稳定版本，请参阅Famat。

代谢和转录组数据的功能分析

生物导体版本：开发（3.16）

Famat是为了收集有关用户提供的基因和代谢物列表的数据，并通过闪亮的应用程序可视化。收集的信息为： - 包含某些用户基因和代谢物的途径（使用途径富集分析获得）。- 用户在路径内部元素之间的直接交互。- 有关元素（其标识符和描述）的信息。- 对用户基因进行的GO条款丰富分析。闪亮的应用程序由： - 有关基因，代谢产物的信息以及它们之间的直接相互作用。- 一个热图显示列表中的哪些元素在途径中（途径在层次结构中构成）。- 使用分子功能和生物学过程的富集术语的层次结构。

作者：Mathieu Charles [AUT，CRE]

维护者：Mathieu Charles

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ famat”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

PDF		参考手册

细节

生物浏览	功能性预测，，，，去，，，，基因烯，，，，kegg，，，，途径，，，，Reactome，，，，软件
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.0）
进口	keggrest，mpinet，dplyr，，，，Gprofiler2，，，，rwikipathways，，，，Reactome.db，，，，Stringr，，，，go.db，，，，Ontology Indexex，，，，花花公子，，，，闪亮的，，，，发光的dashboard，，，，丝绸，，，，情节，，，，马格里特，，，，DT，，，，clusterProfiler，，，，org.hs.eg.db
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，生物管理器
系统要求
增强
URL	https://github.com/emiliesecherre/famat
BugReports	https://github.com/emiliesecherre/famat/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/famat
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/famat
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/famat/
软件包下载报告	下载统计