鱼池

doi：10.18129/b9.bioc.fishpond

这是发展Fishpond的版本；对于稳定版本，请参阅鱼池。

Fishpond：表达数据的下游方法和工具

生物导体版本：开发（3.16）

Fishpond包含用于使用推断的重复作用，用于对RNA-seq数据进行差异转录和基因表达分析的方法，这些重复是通过Gibbs采样或自举抽样产生的不确定性丰度定量的不确定性。该软件包还包含许多用于使用鲑鱼和Alevin量化文件的实用程序。

作者：Anqi Zhu [AUT，CTB]，Michael Love [AUT，CRE]，Avi Srivastava [AUT，CTB]，Rob Patro [Aut，CTB]，Joseph Ibrahim [AUT，CTB]，Hirak Sarkar [CTB]，Euphy Wu[CTB]，Noor Pratap Singh [CTB]，Scott Van Buren [CTB]，Dongze He [CTB]，Steve Lianoglou [CTB]，Wes Wilson [CTB]，Jeroen Gilis [CTB]

维护者：迈克尔·洛夫（Michael Love）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ fishpond”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Fishpond”）

html	R脚本	1. Swish：DE分析会计推理不确定性
html	R脚本	2. Seesaw-鲑鱼和旋转的等位基因表达分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	替代方案，，，，批处理效应，，，，差异性，，，，差速器，，，，基因表达，，，，多重组合，，，，正常化，，，，rnaseq，，，，回归，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录，，，，可视化
版本	2.3.3
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（3年）
执照	GPL-2
要看
进口	图形，统计，utils，方法，艾宾，，，，gtools，，，，QVALUE，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，总结性特征，，，，基因组机，，，，矩阵，，，，SVMISC，，，，RCPP，，，，矩阵，，，，Singlecellexperiment，，，，jsonlite
链接	RCPP
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，巨噬细胞，，，，tximeta，，，，org.hs.eg.db，，，，萨姆，，，，deseq2，，，，apeglm，，，，tximportdata，，，，林玛，，，，Ensembldb，，，，ensdb.hsapiens.v86，，，，GenomicFeatures，，，，AnnotationDbi，，，，pheatmap，，，，GVIZ，，，，GenomeInfodB，，，，Data.Table
系统要求	C ++ 11
增强
URL	https://github.com/mikelove/fishpond
取决于我
进口我	Singlecelltk
建议我	tximeta，，，，tximport
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	fishpond_2.3.3.3.tar.gz
Windows二进制	fishpond_2.3.3.3.zip
MacOS 10.13（高山脉）	fishpond_2.3.3.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fishpond
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/fishpond
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/fishpond/
软件包下载报告	下载统计