流动时间

doi：10.18129/b9.bioc.flowtime

这是发展Flowtime的版本；对于稳定版本，请参阅流动时间。

使用流式细胞术对生物动力学系统的注释和分析

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包有助于分析时间和稳态流式细胞仪实验。该软件包最初是为了量化酵母（菌株W303）中基因调节网络的功能，该功能使用BD精度C6和SORP细胞仪表达荧光报告基因蛋白。但是，这些功能在大多数情况下都是一般的，可以使用其他流式细胞仪来分析其他生物。该软件包中的功能促进了通过实验元数据的流式细胞仪数据的注释，这通常是出版和一般易用性所必需的。还包括用于创建，保存和加载门集的功能。过去，我们通常为每个时间点生成了每个流量集的摘要统计信息，然后注释并分析了这些摘要统计信息。该方法失去了来自流式细胞仪中产生的大量单个细胞数据所带来的大量功率，从本质上将这些数据折叠成子集后的批量测量。除了这些摘要功能外，该软件包还包含函数，以促进和分析稳态或延时数据，利用从每个样品中数千个单个单元格收集的所有数据。

作者：R。ClayWright [AUT，CRE]，Nick Bolten [AUT]，Edith Pierre-Jerome [AUT]

维护者：R。ClayWright

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ flowtime”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Flowtime”）

html	R脚本	流式细胞仪数据的稳态分析
html	R脚本	流式细胞仪数据的时间课程分析
html	R脚本	酵母门
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	蜂窝基，，，，DataImport，，，，流程仪，，，，免疫学，，，，软件，，，，时间科，，，，可视化
版本	1.21.0
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.4），流核
进口	utils，dplyr（> = 1.0.0），蒂布尔，，，，马格里特，，，，plyr，，，，rlang
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，Flowviz，，，，GGPLOT2，，，，生物基因，统计flowclust，，，，opencyto，，，，FlowStats，，，，ggcyto
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	FlowTime_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	FlowTime_1.21.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	FlowTime_1.21.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/flowtime
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/流动时间
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/flowtime/
软件包下载报告	下载统计