flowWorkspace

DOI:10.18129 / B9.bioc.flowWorkspace

这是发展flowWorkspace版本;稳定发布版本请参见flowWorkspace．

用于表示门控和非门控细胞术数据集并与之交互的基础设施。

Bioconductor版本:开发(3.16)

这个包的目的是方便比较自动门控方法和在flowJo中进行的手动门控方法。这个包允许您将基本的flowJo工作区导入到BioConductor中，并使用flowCore功能从flowJo复制门控。将执行门控层次结构、样本组、补偿和转换，以便输出与flowJo分析匹配。

作者:Greg Finak, Mike Jiang

维护者:Greg Finak < Greg at ozette。ai>， Mike Jiang < Mike在ozette.ai>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("flowWorkspace")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“flowWorkspace”)

超文本标记语言	R脚本	flowWorkspace简介:一个用于存储和操作门控流数据的包
超文本标记语言	R脚本	如何合并gatingset
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		安装
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，FlowCytometry，ImmunoOncology，预处理，软件
版本	4.9.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(10.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	Biobase，BiocGenerics，cytolib(> = 2.3.9),晶格，latticeExtra，XML，ggplot2，图，图形，grDevices，方法，stats, stats4, utils，RBGL、工具、Rgraphviz，data.table，dplyr，Rcpp，尺度，matrixStats，RcppParallel，RProtoBufLib，消化，aws.s3，aws.signature，flowCore(> = 2.1.1),ncdfFlow(> = 2.25.4),DelayedArray，S4Vectors
链接	Rcpp，黑洞(> = 1.62.0-1),RProtoBufLib(> = 1.99.4),cytolib(> = 2.3.7),Rhdf5lib，RcppArmadillo，RcppParallel(> = 4.4.2-1)
建议	testthat，flowWorkspaceData(> = 2.23.2),knitr，rmarkdown，ggcyto平行,CytoML，openCyto
SystemRequirements	GNU, c++ 11
增强了
URL
取决于我	ggcyto，highthroughputassays
进口我	CytoML，flowDensity，flowStats，ImmuneSpaceR，openCyto，PeacoQC
建议我	催化剂，指南针，flowClust，flowCore，FlowSOM
我的链接	CytoML
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	flowWorkspace_4.9.0.tar.gz
Windows二进制	flowWorkspace_4.9.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	flowWorkspace_4.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/flowWorkspace
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ flowWorkspace
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/flowWorkspace/
包下载报告	下载数据