GDSFMT

doi：10.18129/b9.bioc.gdsfmt

这是发展GDSFMT的版本;对于稳定版本，请参阅GDSFMT。

R界面到Corearray基因组数据结构（GDS）文件

生物导体版本：开发（3.16）

为CoreArray基因组数据结构（GDS）数据文件提供了高级R接口。GDS是跨具有层次结构的平台可移植的，可存储带有元数据信息的多个面向阵列的数据集。它适用于大规模数据集，尤其是对于比可用的随机存储器大得多的数据。GDSFMT软件包提供了专门针对少于8位整数设计的有效操作，因为二倍体基因型（如单核苷酸多态性（SNP））通常比字节少于少量。数据压缩和解压缩可提供相对有效的随机访问。还允许并行读取与软件包并行支持的多个R进程的GDS文件。

作者：Xiuwen Zheng [AUT，CRE]，Stephanie Gogarten [CTB]，Jean-Loup Gailly和Mark Adler [CTB]（对于随附的Zlib来源），Yann Collet [CTB]（用于随附的LZ4源），XZ贡献者[CTB]（用于随附的Liblzma源源）

维护者：Xiuwen Zheng

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ gdsfmt”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ GDSFMT”）

html	R脚本	GDS格式简介
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DataImport，，，，基础设施，，，，软件
版本	1.33.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（7。5年）
执照	LGPL-3
要看	R（> = 2.15.0），方法
进口
链接
建议	平行，消化，，，，矩阵，，，，蜡笔，，，，运行，，，，尼特，，，，降价，，，，rmarkDown，，，，生物基因
系统要求
增强
URL	http://github.com/zhengxwen/gdsfmt
BugReports	http://github.com/zhengxwen/gdsfmt/issues
取决于我	Bigmelon，，，，GDSARRAY，，，，Saigegds，，，，Scarray，，，，Seqarray，，，，Snprelate
进口我	cnvranger，，，，gbscleanr，，，，创世纪，，，，GGMANH，，，，Gwastools，，，，seqsqc，，，，Seqvartools，，，，variantexperiment
建议我	AnnotationHub，，，，希巴格
链接到我	Seqarray，，，，Snprelate
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	gdsfmt_1.33.0.tar.gz
Windows二进制	gdsfmt_1.33.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	gdsfmt_1.33.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gdsfmt
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/gdsfmt
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/gdsfmt/
软件包下载报告	下载统计