基因组化

doi:10.18129/b9.bioc.genomation

这是发展基因组的版本;对于稳定版本,请参阅基因组化

基因组数据的摘要,注释和可视化

生物导体版本:开发(3.16)

用于基因组间隔的摘要和注释的包装。用户可以在预定义的功能区域(例如启动子,外显子,内含子等)上可视化和量化基因组间隔。基因组间隔表示具有定义的染色体位置的区域,可能与分数相关,例如来自HT-的校准读数SEQ实验,TF结合位点,甲基化评分等。包装可以使用任何表格基因组特征数据,只要它在基因组间隔的位置上具有最小的信息。此外,它可以使用BAM或Bigwig文件作为输入。

作者:Altuna Akalin [AUT,CRE],Vedran Franke [AUT,CRE],Katarzyna Wreczycka [aut],Alexander Gosdschan [CTB],Liz Ingmmons [CTB],Bozena Mika-Gospodorz [CTB] [CTB] [CTB]

维护者:gmail.com> aptuna akalin vedran franke ,katarzyna wreczycka >

引用(从r内,输入引用(“基因组”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ genomation”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“基因组”)

html R脚本 基因组化
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,CPGISLAND,,,,测序,,,,软件,,,,可视化
版本 1.29.0
在生物导体中 Bioc 3.1(R-3.2)(7年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.5.0),网格
进口 生物弦(> = 2.47.6),BSGENOME(> = 1.47.3),Data.Table,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机(> = 1.31.8),基因组签名(> = 1.15.6),S4VECTORS(> = 0.17.25),GGPLOT2,,,,Gridbase,,,,,,,,iranges(> = 2.13.12),矩阵,方法,并行,plotrix,,,,plyr,,,,readr,,,,RESHAPE2,,,,rsamtools(> = 1.31.2),seqpattern,,,,rtracklayer(> = 1.39.7),RCPP(> = 0.12.14)
链接 RCPP
建议 生物基因,,,,GenomationData,,,,尼特,,,,rcolorbrewer,,,,rmarkDown,,,,运行
系统要求
增强
URL http://bioinformatics.mdc-berlin.de/genomation/
BugReports https://github.com/bimsbbioinfo/genomation/issues
取决于我
进口我 cexor,,,,Epicompare,,,,FCCAC,,,,RCAS
建议我 甲基库
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 Genomation_1.29.0.tar.gz
Windows二进制 genomation_1.29.0.zip(仅64位)
MacOS 10.13(高山脉) Genomation_1.29.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomation
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/基因组
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/genomation/
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  • Bioc-devel邮件列表 - 包装开发人员2021欧洲杯体育投注开户