冰茶

doi：10.18129/b9.bioc.icetea

这是发展冰原的版本；对于稳定版本，请参阅冰茶。

将盖含量与转录本表达分析相结合

生物导体版本：开发（3.13）

Icetea（与转录本表达分析的集成帽富集）为多种5'Proping方法（例如CAGE，RAMPAGE和MAPCAP）的端到端分析提供了功能，从原始读取到使用重复的转录起始位点的检测。它还允许在样品组之间执行差异TSS检测，因此将mRNA CAP富集信息与转录表达分析集成在一起。

作者：Vivek Bhardwaj [AUT，CRE]

维护者：vivek bhardwaj

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install（decon ='devel'）biocmanager :: Install（“冰etea”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“冰冰”）

html	R脚本	使用ICETEA分析成绩单5'Profiling数据
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	差异性，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，转录，，，，转录组学
版本	1.9.0
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（2年）
执照	GPL-3 +文件执照
要看	R（> = 4.0）
进口	统计，utils，方法，图形，grdevices，GGPLOT2，，，，GenomicFeatures，，，，Shortread，，，，生物比较，，，，生物弦，，，，S4VECTORS，，，，rsamtools，，，，生物基因，，，，iranges，，，，基因组签名，，，，基因组机，，，，rtracklayer，，，，总结性特征，，，，变体，，，，林玛，，，，EDGER，，，，CSAW，，，，deseq2，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm6.ensgene
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，rsubread（> = 1.29.0），测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/vivekbhr/icetea
BugReports	https://github.com/vivekbhr/icetea/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Icetea_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	Icetea_1.9.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Icetea_1.9.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/icetea
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/冰etea
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/icetea/
软件包下载报告	下载统计