等压线

DOI:10.18129 / B9.bioc.isobar

这是发展等压线的版本;稳定版请参见等压线．

等压标记的MSMS蛋白质组学数据的分析和定量

Bioconductor版本:开发(3.16)

isobar为用iTRAQ和TMT等压标记的定量质谱蛋白质组学数据的分析提供了预处理、归一化和生成报告的方法。功能模块用于集成和验证以ptm为中心的数据集(isobar-PTM)。更多信息请访问http://www.ms-isobar.org。

作者:Florian P Breitwieser < Florian。Bw在gmail.com>而且Jacques Colinge , with contributions from Alexey Stukalov , Xavier Robin and Florent Gluck

维护者:Florian P Breitwieser < Florian。Bw在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("isobar")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“等压线”)

PDF	R脚本	开发人员的等压线2021欧洲杯体育投注开户
PDF	R脚本	用于PTM数据集量化的等压线
PDF	R脚本	iTRAQ和TMT蛋白定量等压包
PDF	R脚本	等压线包的使用案例
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	生物信息学，ImmunoOncology，MassSpectrometry，MultipleComparisons，蛋白质组学，质量控制，软件
版本	1.43.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(10.5年)
许可证	LGPL-2
取决于	R (>= 2.10.0)，Biobase、统计数据、方法
进口	分配，plyr，biomaRt，ggplot2
链接
建议	MSnbase，OrgMassSpecR，XML，RJSONIO，Hmisc，gplots，RColorBrewer，gridExtra，limma，引导，DBI，质量
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/fbreitwieser/isobar
BugReports	https://github.com/fbreitwieser/isobar/issues
全靠我
进口我
建议我	RforProteomics
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	isobar_1.43.0.tar.gz
Windows二进制	isobar_1.43.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	isobar_1.43.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/isobar
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/isobar
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/isobar/
软件包下载报告	下载数据