lineagespot

doi：10.18129/b9.bioc.lineagespot

这是发展lineagespot的版本；对于稳定版本，请参阅lineagespot。

使用下一代测序检测废水样品中的SARS-COV-2谱系

生物导体版本：开发（3.16）

lineagespot是用R编写的框架，旨在根据一个（或列表）的变体文件（即变体调用格式）识别SARS-COV-2相关的突变。该方法可以促进使用下一代测序的废水样品中SARS-COV-2谱系的检测，并尝试推断SARS-COV-2谱系的潜在分布。

作者：Nikolaos Pechlivanis [AUT，CRE]，Maria Tsagiopoulou [aut]，Maria Christina Maniou [Aut]，Anastasis togkousidis [Aut]，Evangelia Mouchtaropoulou [aut]，Taxiarchis Chassalevris [aut]Margaritis Kostoglou [aut]，Thodoris karapantsios [aut]，stamatia laidou [aut]，elisavet vlachonikola [aut]，aspasia orfanou [aut]，Styliani-Christina fragkouli [aut aut]，sofoklis keisaris keisaris [aut aut]Agis Papadopoulos [aut]，Nikolaos Papaioannou [aut]，Anagnostis argiriou [aut]，Fotis E. Psomopoulos [aut]

维护者：nikolaos pechlivanis

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ lineagespot”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ lineagespot”）

html	R脚本	lineagespot用户指南
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	测序，，，，软件，，，，变体，，，，变体挖出
版本	1.1.1
在生物导体中	Bioc 3.15（R-4.2）（<6个月）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看
进口	变体，，，，矩阵，，，，总结性特征，，，，Data.Table，，，，Stringr，，，，httr，UTILS
链接
建议	生物使用，，，，Refmanager，，，，rmarkDown，，，，尼特，，，，测试（> = 3.0.0）
系统要求
增强
URL	https://github.com/biodataanalysisgroup/lineagespot
BugReports	https://github.com/biodataanalysisgroup/lineagespot/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	lineagespot_1.1.1.1.tar.gz
Windows二进制	lineagespot_1.1.1.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	lineagespot_1.1.1.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lineagespot
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/lineagespot
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/lineagespot/
软件包下载报告	下载统计