maftools

doi：10.18129/b9.bioc.maftools

这是发展Maftools的版本；对于稳定版本，请参阅maftools。

总结，分析和可视化MAF文件

生物导体版本：开发（3.16）

分析和可视化大规模测序研究中的突变注释格式（MAF）文件。该软件包提供了各种功能，可以在癌症基因组学中执行最常用的分析，并以最少的精力创建功能丰富的可定制视觉量。

作者：Anand Mayakonda [AUT，CRE]

维护者：Anand Mayakonda

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ maftools”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Maftools”）

html	R脚本	01：总结，分析和可视化MAF文件
html	R脚本	02：自定义OnCoplots
html	R脚本	03：癌症报告
html	R脚本	04：副本编号分析
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	分类，，，，dnaseq，，，，datarepresentation，，，，驱动器，，，，特征提取，，，，功能基因组学，，，，测序，，，，软件，，，，somaticmmut，，，，生存，，，，变体，，，，可视化
版本	2.13.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（5。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 3.3）
进口	Data.Table，grdevices，方法，rcolorbrewer，，，，Rhtslib，，，，生存，，，，DNACOPIGY
链接	Rhtslib，，，，Zlibbioc
建议	浆果，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，基因组机，，，，iranges，，，，尼特，，，，mclust，，，，多亚sayExexperiment，，，，NMF，，，，r.utils，，，，破烂的经历，，，，rmarkDown，，，，S4VECTORS，，，，pheatmap，，，，卷曲
系统要求	gnu做
增强
URL	https://github.com/poisonalien/maftools
BugReports	https://github.com/poisonalien/maftools/issues
取决于我
进口我	西米斯，，，，katdetectr，，，，Musicatk，，，，tcgabiolinksgui，，，，tcgaworkflow
建议我	GenomicDataCommons，，，，多亚sayExexperiment，，，，幸存，，，，tcgabiolinks
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	maftools_2.13.0.tar.gz
Windows二进制	maftools_2.13.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	maftools_2.13.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/maftools
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/maftools
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/maftools/
软件包下载报告	下载统计