metagene2

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagene2

这是发展metagene2版本;稳定的发布版本,请参阅metagene2。

一个包生产metagene情节

Bioconductor版本:发展(3.16)

这个包产生metagene情节比较保险的测序实验选定群组内的基因组区域。等分析可用于评估DNA-interacting蛋白质的绑定或测量反义转录启动子区域基因的长度。metagene2包可以管理所有方面的分析,从保险正常化情节方面根据试验元数据。引导指令分析是用来提供样品的意思是保险的置信区间。

作者:埃里克·弗尔涅(cre, aut]查尔斯·乔利Beauparlant (aut),塞德里克信托(aut) Arnaud所有权(aut)

维修工:埃里克·弗尔涅< ericfournier2在yahoo.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“metagene2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“metagene2”)

HTML	R脚本	介绍metagene2
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,报道,遗传学,MultipleComparison,测序,软件
版本	1.13.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0),R6(> = 2.0),GenomicRanges,BiocParallel
进口	rtracklayer、工具、GenomicAlignments,GenomeInfoDb,IRanges,ggplot2,Rsamtools,purrr,data.table、方法、dplyr,magrittr,reshape2
链接
建议	BiocGenerics,RUnit,knitr,BiocStyle,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ArnaudDroitLab/metagene2
BugReports	https://github.com/ArnaudDroitLab/metagene2/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	metagene2_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	metagene2_1.13.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	metagene2_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagene2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ metagene2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/metagene2/
包下载报告	下载数据