这是发展Methrix的版本;对于稳定版本,请参阅Methrix。
生物导体版本:开发(3.16)
Bisulfite管道生成的床弹文件通常具有各种口味。关键的下游步骤需要将这些文件汇总到甲基化/覆盖矩阵中。数据聚集的这一步骤由Methrix完成,包括许多其他有用的下游功能。
作者:Anand Mayakonda [AUT,CRE],reka toth [aut],Rajbir Batra [CTB],Clarissa Feuerstein-Akgöz[CTB],Joschka Hey [CTB],MaximilianSchönung[CTB],Pavlo Lutsik [CTB]
维护者:Anand Mayakonda
引用(从r内,输入引用(“ Methrix”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:
if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ methrix”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Methrix”)
html | R脚本 | Methrix教程 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 | |
文本 | 执照 |
生物浏览 | 覆盖范围,,,,DNAMETHYLATY,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.11.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.10(R-3.6)(2。5年) |
执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
要看 | r(> = 3.6),Data.Table(> = 1.12.4),总结性特征 |
进口 | rtracklayer,,,,延迟,,,,HDF5Array,,,,BSGENOME,,,,延迟的matrixstats,并行,方法,GGPLOT2,,,,矩阵,图形,统计,utils,基因组机,,,,iranges |
链接 | |
建议 | 尼特,,,,rmarkDown,,,,DSS,,,,BSSEQ,,,,情节,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9,,,,mafdb.1kgenomes.phase3.grch38,,,,mafdb.1kgenomes.phase3.hs37d5,,,,GenomicsCores,,,,生物弦,,,,rcolorbrewer,,,,GenomeInfodB,,,,测试(> = 2.1.0) |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/compepigen/methrix |
BugReports | https://github.com/compepigen/methrix/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | methrix_1.11.0.tar.gz |
Windows二进制 | methrix_1.11.0.zip(仅64位) |
MacOS 10.13(高山脉) | methrix_1.11.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methrix |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/methrix |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/methrix/ |
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