甲基化

doi：10.18129/b9.bioc.methylsig

这是发展甲基化的版本；对于稳定版本，请参阅甲基化。

甲基化：WGB和RRB数据的差甲基化测试

生物导体版本：开发（3.16）

甲基化是用于测试全基因组亚硫酸盐测序（WGB）中差异甲基化的胞嘧啶（DMC）或区域（DMR）的包装包装，或减少了代表性的Bisulfite测序（RRBS）实验。甲基化使用β二项式模型来测试样品组之间的显着差异。对于特定于网站或滑动窗口测试以及方差估计，存在几种选项。

作者：Yongseok Park [AUT]，Raymond G. Cavalcante [AUT，CRE]

维护者：Raymond G. Cavalcante

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“甲基Sig”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“甲基化”）

html	R脚本	更新甲基化代码
html	R脚本	使用甲基化
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，差甲基化，，，，表观遗传学，，，，甲基，，，，回归，，，，软件
版本	1.9.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.6）
进口	BSSEQ，，，，延迟，，，，延迟的matrixstats，，，，DSS，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，方法，并行，统计，S4VECTORS
链接
建议	生物使用，，，，BSSEQDATA，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试（> = 2.1.0），COVR
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/sartorlab/methylsig/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	甲基Sig_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	甲基Sig_1.9.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	甲基Sig_1.9.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylsig
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/甲基
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/methylsig/
软件包下载报告	下载统计