methylumi

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylumi

这是发展methylumi版本;稳定发布版本请参见methylumi．

处理Illumina甲基化数据

Bioconductor版本:开发(3.16)

这个包提供了保存和操作Illumina甲基化数据的类。基于eSet，它可以包含MIAME信息、样本信息、特征信息和多个数据矩阵。作为一个“智能”导入函数，methylumiR可以读取Illumina文本文件并创建一个MethyLumiSet。methylumIDAT可以直接从HumanMethylation27和HumanMethylation450微阵列中读取原始的IDAT文件。还包括GoldenGate、Infinium和Infinium HD阵列的归一化、背景校正和质量控制功能。

作者:Sean Davis, Pan Du, Sven Bilke, Tim Triche, Jr.， Moiz Bootwalla

维护者:Sean Davis

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("methylumi")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“methylumi”)

PDF	R脚本	介绍甲基umi包
PDF	R脚本	使用methylumi与Illumina 450k阵列合作
PDF		参考手册
文本		自述

细节

biocViews	CpGIsland，DNAMethylation，预处理，质量控制，软件，TwoChannel
版本	2.43.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (R-2.10)(12.5年)
许可证	GPL-2
取决于	Biobase，方法，R (>= 2.13)，尺度，reshape2，ggplot2，matrixStats, FDb.InfiniumMethylation。hg19 (> = 2.2.0),minfi
进口	BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，SummarizedExperiment，Biobase、图形、晶格，注释，genefilter，AnnotationDbi，minfistats4,illuminaio，GenomicFeatures
链接
建议	光民，晶格，limma，xtable，SQN，质量，matrixStats平行,rtracklayer，Biostrings，TCGAMethylation450k, IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12。hg19 FDb.InfiniumMethylation。hg18(>= 2.2.0)，人类knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/seandavi/methylumi/issues/new
取决于我	bigmelon，RnBeads，skewr，西瓜
进口我	ffpe，光民，missMethyl
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	methylumi_2.43.0.tar.gz
Windows二进制	methylumi_2.43.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	methylumi_2.43.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylumi
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylumi
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methylumi/
包下载报告	下载数据