mirsponger

doi：10.18129/b9.bioc.mirsponger

这是发展mirsponger的版本；对于稳定版本，请参阅mirsponger。

miRNA海绵调节的识别和分析

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包提供了几种功能，可以通过推定的miRNA-target相互作用或/和转录组学数据（包括批量，单细胞和空间基因表达数据）来探索miRNA海绵（也称为CERNA或miRNA诱饵）调节。它提供了八种流行的方法来识别miRNA海绵相互作用，并提供了一种整合来自不同方法的miRNA海绵相互作用的综合方法，以及验证miRNA海绵相互作用的功能，并推断miRNA海绵模块，对miRNA海绵模块和miRNA海绵模块进行丰富分析。进行miRNA海绵模块的生存分析。通过使用样品控制变量策略，它提供了推断样品特异性miRNA海绵相互作用的函数。就样品特异性miRNA海绵相互作用而言，它实现了三种相似性方法来构建样品样本相关网络。

作者：Junpeng Zhang

维护者：junpeng zhang

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ mirsponger”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ mirsponger”）

html	R脚本	miRNA海绵调节的识别和分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	生物医学信息学，，，，基因表达，，，，微阵列，，，，NetworkEnrichment，，，，rnaseq，，，，Singlecell，，，，软件，，，，空间，，，，生存
版本	2.1.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（3年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.5.0）
进口	公司， 平行，Igraph，，，，MCL，，，，clusterProfiler，，，，Reactomepa，，，，剂量，，，，生存，grdevices，图形，统计信息，linkComm，utils，RCPP，，，，org.hs.eg.db，，，，海绵，，，，foreach，，，，多帕尔
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/zhangjunpeng411/mirsponger/issues
取决于我
进口我	mirsm
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	mirsponger_2.1.0.tar.gz
Windows二进制	mirsponger_2.1.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	mirsponger_2.1.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mirsponger
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/mirsponger
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/mirsponger/
软件包下载报告	下载统计