mitoClone2

DOI:10.18129 / B9.bioc.mitoClone2

这是发展mitoClone2版本;稳定版请参见mitoClone2．

利用线粒体和体细胞突变在单细胞RNA-Seq数据中的克隆群体鉴定

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个包主要从BAM比对文件中识别线粒体基因组的变异。它过滤这些变异以去除RNA编辑事件，然后估计它们的进化关系(即它们的系统发育树)，并将单细胞分组为克隆。它还可以可视化突变，并提供额外的基因组环境。

作者:Benjamin Story [aut, cre]， Lars Velten [aut]， Gregor Mönke [aut]

维护者:Benjamin Story < Story。本杰明在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("mitoClone2")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“mitoClone2”)

超文本标记语言	R脚本	系统发生树的计算和突变的聚类
超文本标记语言	R脚本	变量调用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，注释，DataImport，遗传学，单核苷酸多态性，SingleCell，软件
版本	1.5.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	reshape2，GenomicRanges，pheatmap，deepSNV， grDevices，图形，统计，utils，S4Vectors，Rhtslib，并行，方法，ggplot2
链接	Rhtslib(> = 1.13.1)
建议	knitr，rmarkdown，Biostrings，testthat
SystemRequirements	GNU make, PhISCS(可选)
增强了
URL	https://github.com/benstory/mitoClone2
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	mitoClone2_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	mitoClone2_1.5.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	mitoClone2_1.5.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	mitoClone2_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mitoClone2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mitoClone2
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/mitoClone2/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/mitoClone2/
软件包下载报告	下载数据