mnem

doi：10.18129/b9.bioc.mnem

这是发展Mnem的版本；对于稳定版本，请参阅mnem。

混合嵌套效应模型

生物导体版本：开发（3.16）

混合嵌套效应模型（MNEM）是嵌套效应模型的扩展，可以分析通过诸如wisturb-seq（Dixit等，2016）或农作物seq等方法提供的单细胞扰动数据（Datlinger等，2017年））。在那些实验中，许多细胞中的每个细胞都被特定基因的敲低扰动，即，几个细胞被基因A的敲低的基因扰动，其中几个被基因B的敲低，等等。观察到的读出必须是多特征，在扰动/作物序列基因的情况下，每个细胞的表达谱是每个细胞的表达曲线。MNEM使用混合模型同时将细胞总数聚集到K簇中，并推断K网络为每个群集的扰动基因联系起来。混合物成分是通过预期最大化算法推断出来的。

作者：Martin Pirkl [AUT，CRE]

维护者：Martin Pirkl

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ mnem”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ mnem”）

html	R脚本	mnem
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	Atacseq，，，，CRISPR，，，，dnaseq，，，，基因表达，，，，网络，，，，网络引导，，，，途径，，，，合并屏幕，，，，rnaseq，，，，Singlecell，，，，软件，，，，系统生物学
版本	1.13.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（3年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1）
进口	簇，，，，图形，，，，rgraphviz，，，，Flexclust，，，，格子，，，，Naturalsort，，，，降雪，stats4，tsne，方法，图形，统计，utils，linnorm，，，，Data.Table，，，，RCPP，，，，rcppeigen，，，，矩阵，grdevices，E1071，，，，GGPLOT2，，，，韦桑森
链接	RCPP，，，，rcppeigen
建议	尼特，，，，DevTools，，，，rmarkDown，，，，生物基因，，，，运行，，，，Epinem
系统要求
增强
URL	https://github.com/cbg-ethz/mnem/
BugReports	https://github.com/cbg-ethz/mnem/issues
取决于我	Nempi
进口我	Bnem，，，，DCE，，，，Epinem
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	mnem_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	mnem_1.13.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	mnem_1.13.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mnem
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/mnem
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/mnem/
软件包下载报告	下载统计