motifmatchr

DOI:10.18129 / B9.bioc.motifmatchr

这是发展motifmatchr版本;稳定发布版本请参见motifmatchr．

R中的快速Motif匹配

Bioconductor版本:开发(3.16)

快速找到图案匹配的许多图案和许多序列。包装来自mood主题调用库的c++代码，该库由Pasi Rastas、Janne Korhonen和Petri Martinmäki开发。

作者:Alicia Schep，斯坦福大学[cph]

维护者:Alicia Schep在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("motifmatchr")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“motifmatchr”)

超文本标记语言	R脚本	motifmatchr
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	MotifAnnotation，软件
版本	1.19.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 3.3)
进口	矩阵，Rcpp、方法、TFBSTools，Biostrings，BSgenome，S4Vectors，SummarizedExperiment，GenomicRanges，IRanges，Rsamtools，GenomeInfoDb
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	testthat，knitr，rmarkdown, BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我
进口我	enhancerHomologSearch，enrichTF，esATAC，网页排名，spatzie
建议我	CAGEWorkflow，chromVAR，MethReg
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	motifmatchr_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	motifmatchr_1.19.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	motifmatchr_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifmatchr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ motifmatchr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/motifmatchr/
包下载报告	下载数据