nearBynding

DOI:10.18129 / B9.bioc.nearBynding

这是发展nearBynding版本;稳定版请参见nearBynding

辨别蛋白质结合附近的RNA结构

Bioconductor版本:开发(3.16)

在用户定义的转录组区域内,提供一个管道来识别蛋白质结合位点附近的RNA结构。CLIP蛋白结合数据可以输入为对齐的BAM或称为峰的bedGraph文件。RNA结构可以从序列内部预测,或者用户可以选择输入自己的RNA结构数据。RNA结构结合剖面可以通过多种格式进行直观和定量比较。

作者:Veronica Busa [cre]

维护者:Veronica Busa

引文(从R内,输入引用(“nearBynding”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("nearBynding")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“nearBynding”)

PDF R脚本 nearBynding装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类DataRepresentationMotifDiscoveryMultipleComparison软件StructuralPrediction可视化
版本 1.7.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.0)
进口 R.utilsmatrixStatsplyranges运输RsamtoolsS4Vectors, grDevices,图形,rtracklayerdplyrGenomeInfoDb、方法、GenomicRanges, utils,统计,magrittrTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneTxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGeneggplot2gplotsBiocGenericsrlang
链接
建议 knitrrmarkdown
SystemRequirements bedtools (> = 2.28.0), Stereogene (> = v2.22), CapR (> = 1.1.1)
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 nearBynding_1.7.0.tar.gz
Windows二进制 nearBynding_1.7.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra) nearBynding_1.7.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nearBynding
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/nearBynding
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/nearBynding/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一: