nempi

DOI:10.18129 / B9.bioc.nempi

这是发展nempi的版本;稳定发布版本请参见nempi．

从基因表达数据推断未观察到的扰动

Bioconductor版本:开发(3.17)

以对数概率的不完全扰动剖面和差异基因表达作为输入，并推断出未观察到的扰动和增强已观察到的扰动。推理是通过迭代地从摄动中推导出一个网络，再从网络中推导出摄动来完成的。网络推理是由嵌套效应模型完成的。

作者:Martin Pirkl [aut, cre]

维护人员:Martin Pirkl

安装

要安装此包，启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("nempi")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“nempi”)

超文本标记语言	R脚本	nempi
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,CRISPR,分类,DNASeq,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GeneExpression,GeneSignaling,网络,NetworkInference,NeuralNetwork,通路,PooledScreens,RNASeq,SingleCell,软件,SystemsBiology
版本	1.7.0
在Bioconductor公司	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)，mnem
进口	e1071,nnet,randomForest,naturalsort，图形，统计，工具，matrixStats,epiNEM
链接
建议	knitr,BiocGenerics,rmarkdown,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cbg-ethz/nempi/
BugReports	https://github.com/cbg-ethz/nempi/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	nempi_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	nempi_1.7.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nempi
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/nempi
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/nempi/
软件包下载报告	下载数据