netdx

doi：10.18129/b9.bioc.netdx

这是发展netdx的版本;对于稳定版本，请参阅netdx。

基于网络的患者分类器

生物导体版本：开发（3.16）

NETDX是一种通用算法，可从异质患者数据构建患者分类剂。该方法将数据转换为特征级别的患者相似性网络。功能选择标识每个类的预测值的特征。为使用标准措施提供了多功能预测指标设计和性能评估的方法。NETDX本地分子数据将分子数据分为途径级特征，并与Cytoscape连接，以实现途径主题的网络可视化。有关方法详细信息，请参见：Pai等。（2019）。NETDX：使用综合患者相似性网络的可解释的患者分类。分子系统生物学。15，E8497

作者：Shraddha Pai [AUT，CRE]，Philipp Weber [Aut]，Ahmad Shah [aut]，Luca Giudice [aut]，Shirley Hui [aut]，AnneNøhr[CTB]，Indy Ng [CTB]，Ruth Isserlin [aut]，Hussam Kaka [aut]，Garary，GaryBader [aut]

维护者：shraddha pai

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ netdx”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ netdx”）

html	R脚本	01.构建和测试分类器具有临床和多摩尼克数据和途径功能
html	R脚本	02.运行具有表格数据的NETDX
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	生物医学信息学，，，，分类，，，，网络，，，，软件，，，，系统生物学
版本	1.9.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 3.6）
进口	rocr，，，，pracma，，，，GGPLOT2，，，，Glmnet，，，，Igraph，，，，RESHAPE2，并行，统计，utils，多亚sayExexperiment，图形，grdevices，方法，Biocfilecache，，，，基因组机，，，，BigMemory，，，，多帕尔，，，，foreach，，，，组合，，，，Rappdirs，，，，GenomeInfodB，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，rcolorbrewer，，，，RTSNE，，，，httr，，，，plotrix
链接
建议	策展，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，尼特，，，，生物使用，，，，RCY3，，，，簇发酵，，，，NetSmooth，，，，评分
系统要求
增强
URL	http://netdx.org
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	netdx_1.9.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netdx
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/netdx
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/netdx/
软件包下载报告	下载统计