netOmics

DOI:10.18129 / B9.bioc.netOmics

这是发展netOmics版本;稳定版请参见netOmics．

多组学(时间-课程)基于网络的整合和解释

Bioconductor版本:开发(3.16)

netOmics是一个多组学网络构建器和浏览器。它结合了网络推理算法和基于知识的图形来构建多层网络。该软件包可以与timeOmics结合，以合并时间过程表达数据，并从多组学动力学集群中构建子网络。最后，从生成的多组学网络中，传播分析允许识别缺失的生物功能(1)、多组学机制(2)和动力学簇之间的分子(3)。这有助于解决复杂的调控机制。

作者:Antoine Bodein [aut, cre]

维护者:Antoine Bodein < Antoine . Bodein。1在ulval .ca>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("netOmics")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“netOmics”)

超文本标记语言	R脚本	netOmics
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork，网络，NetworkInference，软件，SystemsBiology，TimeCourse，WorkflowStep
版本	1.3.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	dplyr，ggplot2，igraph，magrittr，minet，purrr，宠物猫，tidyr，AnnotationDbi，GO.db，RandomWalkRestartMH，gprofiler2、方法、统计
链接
建议	mixOmics，timeOmics，tidyverse，BiocStyle，testthat，covr，rmarkdown，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/abodein/netOmics
BugReports	https://github.com/abodein/netOmics/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	netOmics_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	netOmics_1.3.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	netOmics_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netOmics
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/netOmics
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/netOmics/
软件包下载报告	下载数据