oppar

DOI:10.18129 / B9.bioc.oppar

这是发展oppar版本;稳定版请参见oppar．

R

Bioconductor版本:开发(3.16)

Wang et al.(2012)发布的mCOPA包的R实现。Oppar提供了癌症异常值分析方法。虽然最初是为了检测癌症研究中的异常基因而开发的，但oppar中提出的方法一般可用于异常谱分析。此外，还为基因集富集和通路分析提供了工具。

作者:王宸玮[aut]， Alperen Taciroglu [aut]， Stefan R Maetschke [aut]， Colleen C Nelson [aut]， Mark Ragan [aut]， Melissa Davis [aut]， Soroor Hediyeh zadeh [cre]， Momeneh Foroutan [ctr]

维护者:Soroor Hediyeh zadeh

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("oppar")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“oppar”)

超文本标记语言	R脚本	OPPAR: R的离群值分布和通路分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，通路，软件，SystemsBiology
版本	1.25.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.3)
进口	Biobase、方法、GSEABase，GSVA
链接
建议	knitr，rmarkdown，limma，org.Hs.eg.db，GO.db，雪、并行
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	oppar_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	oppar_1.25.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	oppar_1.25.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oppar
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/oppar
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/oppar/
软件包下载报告	下载数据