orthogene

DOI:10.18129 / B9.bioc.orthogene

这是发展正基因版本;稳定版请参见orthogene．

种间基因定位

Bioconductor版本:开发(3.16)

“orthogene”是一个R包，可以方便地在数百个物种之间绘制同源基因。它在**700多种生物中提取最新的基因正交映射**。它还提供各种实用函数，使用**1:1**、**many:1**、**1:many**或**many:many**基因映射，在物种内和物种间聚合/扩展常见对象(例如data.frames、基因表达矩阵、列表)。

作者:Brian Schilder [cre]

维护者:Brian Schilder

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("orthogene")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“orthogene”)

超文本标记语言	R脚本	码头工人
超文本标记语言	R脚本	推断物种
超文本标记语言	R脚本	orthogene
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文本		新闻

细节

biocViews	ComparativeGenomics，GeneExpression，遗传学，系统发生学，预处理，软件，转录组
版本	1.3.2
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	dplyr，方法，统计，utils，矩阵，jsonlite，homologene，gprofiler2，babelgene，data.table平行,ggplot2，ggpubr，拼接而成，DelayedArray，Matrix.utils，嗯……，repmis，ggtree、工具
链接
建议	遥控器，knitr，BiocStyle，covr，减价，rmarkdown，在这里，testthat(> = 3.0.0),肩扛，獾，魔法，desc，hrbrthemes，开罗，yulab.utils，还，GenomeInfoDbData，猿，phytools，rphylopic，TreeTools，RColorBrewer，ggimage，OmaDB
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/neurogenomics/orthogene
BugReports	https://github.com/neurogenomics/orthogene/issues
全靠我
进口我	EWCE
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	orthogene_1.3.2.tar.gz
Windows二进制	orthogene_1.3.2.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	orthogene_1.3.2.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/orthogene
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/orthogene
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/orthogene/
软件包下载报告	下载数据