pareg

DOI:10.18129 / B9.bioc.pareg

这是发展pareg版本;稳定的发布版本,请参阅pareg。

通路浓缩使用正规化的回归方法

Bioconductor版本:发展(3.16)

计算路径浓缩分数而占term-term关系。这个包使用一个正规化的多元线性回归回归微分表达式假定值从multi-condition实验获得一个通路成员矩阵。通过这样做,它能够把额外的生物知识融入富集分析和估计通路富集得分更加智能化。

作者:金菲利普·雅布伦斯基(aut (cre)

维修工:金菲利普·雅布伦斯基< kim.philipp。雅布伦斯基在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“pareg”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,网络,NetworkEnrichment,回归,软件,StatisticalMethod
版本	1.1.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2),tensorflow(> = 2.2.0),tfprobability(> = 0.10.0)
进口	统计数据,tidyr,purrr,furrr,宠物猫,胶水,tidygraph,igraph,代理,dplyr,magrittr,ggplot2,ggraph,rlang,进步,矩阵,matrixLaplacian,keras,nloptr,shadowtext、方法、剂量,stringr,网状
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat(> =魅惑,BiocStyle,formatR,devtools,plotROC,PRROC,mgsa,topGO,msigdbr,betareg,fgsea,ComplexHeatmap,GGally,ggsignif,circlize,enrichplot,ggnewscale,tidyverse,cowplot,ggfittext
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cbg-ethz/pareg
BugReports	https://github.com/cbg-ethz/pareg/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	pareg_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	pareg_1.1.0.zip
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pareg
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pareg
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pareg/
包下载报告	下载数据