paxtoolsr

DOI:10.18129 / B9.bioc.paxtoolsr

这是发展paxtoolsr版本;稳定的发布版本,请参阅paxtoolsr。

从多个数据库访问路径通过BioPAX和途径

Bioconductor版本:发展(3.16)

R的包提供了一组功能与使用Paxtools BioPAX OWL文件进行交互和查询路径共享(PC)的分子相互作用数据库。通道共享一个项目的纪念斯隆-凯特琳癌症中心(MSKCC),丹娜-法伯癌症研究所(DFCI)和多伦多大学的。途径共享数据库包括:绑定,BioGRID乔鲁姆,仪,探底,DrugBank, HPRD, HumanCyc,完好无损,KEGG, MirTarBase,豹,PhosphoSitePlus, Reactome,侦察,TRANSFAC。

作者:奥古斯汀Luna (aut (cre)

维修工:奥古斯汀Luna < lunaa cbio.mskcc.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“paxtoolsr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“paxtoolsr”)

HTML	R脚本	使用PaxtoolsR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,KEGG,网络,NetworkEnrichment,通路,Reactome,软件,SystemsBiology
版本	1.31.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.2),rJava(> = 0.9 8)、方法XML
进口	跑龙套,httr,igraph,plyr,rjson,R.utils,jsonlite,readr,rappdirs
链接
建议	testthat,knitr,BiocStyle,formatR,rmarkdown,RColorBrewer,foreach,doSNOW平行,org.Hs.eg.db,clusterProfiler
SystemRequirements	Java (> = 1.6)
增强了
URL	https://github.com/BioPAX/paxtoolsr
取决于我
进口我
建议我	netboxr
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	paxtoolsr_1.31.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/paxtoolsr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ paxtoolsr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/paxtoolsr/
包下载报告	下载数据