周期性

doi:10.18129/b9.bioc.periodicdna

这是发展版本的元素;对于稳定版本,请参阅周期性

在DNA序列中识别K-MER的定期出现的一组工具

生物导体版本:开发(3.16)

该R软件包可帮助用户定期识别K-MER(例如DI-或三核苷酸)在一组基因组基因座(通常是调节元素)中。该软件包的功能提供了一种直接的方法,可以在DNA序列(例如调节元素)中找到K-MER的周期性发生。它不是旨在识别由保守距离隔开的图案。有关此类分析,请访问Meme网站。

作者:Jacques Serizay [AUT,CRE]

维护者:jacques serizay

引用(从r内,输入引用(“周期性”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ ocendicicdna”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ praceicdna”)

html R脚本 周期性介绍
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 结盟,,,,覆盖范围,,,,DataImport,,,,图案,,,,主题,,,,测序,,,,测序,,,,软件
版本 1.7.0
在生物导体中 Bioc 3.12(R-4.0)(1。5年)
执照 GPL-3 +文件执照
要看 r(> = 4.0),生物弦,,,,基因组机,,,,iranges,,,,BSGENOME,,,,生物比较
进口 S4VECTORS,,,,rtracklayer,统计GenomeInfodB,,,,马格里特,,,,动物园,,,,GGPLOT2,方法,并行,牛仔图
链接
建议 BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER3,,,,bsgenome.celegans.ucsc.ce11,,,,bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm6,,,,BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER10,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10,,,,网状,,,,测试,,,,COVR,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,pkgdown
系统要求
增强
URL https://github.com/js2264/periodicdna
BugReports https://github.com/js2264/periodicdna/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 odecicdna_1.7.0.tar.gz
Windows二进制 周期性DNA_1.7.0.ZIP
MacOS 10.13(高山脉) 周期性DNA_1.7.0.TGZ
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/periodicdna
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/周期性
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/periodicdna/
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