Plotgardener

doi:10.18129/b9.bioc.plotgardener

这是发展plotgardener的版本;对于稳定版本,请参阅Plotgardener

R的基于坐标的基因组可视化软件包

生物导体版本:开发(3.16)

为R的基于坐标的基因组可视化软件包。它使用户能够通过编程性生产复杂的多块板图。Plotgardener为基因组学量身定制,允许用户可视化大型复杂的基因组数据集,并对图表的放置和排列方式提供精美的控制。

作者:妮可·克莱默(Nicole Kramer)[AUT,CRE],Eric S. Davis [AUT],Craig Wenger [AUT],Sarah Parker [CTB],Erika Deoudes [Art],Michael Love [CTB],Douglas H. Phanstiel [AUT,CPH]

维护者:妮可·克莱默(Nicole Kramer)

引用(从r内,输入引用(“ plotgardener”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version ='devel')biocmanager :: install(“ plotgardener”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Plotgardener”)

html R脚本 Plotgardener简介
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 功能基因组学,,,,基因数,,,,基因组组件,,,,,,,,软件,,,,可视化
版本 1.3.6
在生物导体中 Bioc 3.14(R-4.1)(0.5岁)
执照 麻省理工学院 +文件执照
要看 R(> = 4.1.0)
进口 卷曲,,,,Data.Table,,,,dplyr,grdevices,网格,ggplotify,,,,iranges, 方法,plyranges,,,,purrr,,,,RCPP,,,,rcolorbrewer,,,,rlang,统计稻草,工具,UTILS
链接 RCPP
建议 AnnotationDbi,,,,AnnotationHub,,,,BSGENOME,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,复杂的图像,,,,GenomicFeatures,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,GGPLOT2,,,,互动集,,,,尼特,,,,org.hs.eg.db,,,,rtracklayer,,,,Plotgardenerdata,,,,PNG,,,,rmarkDown,,,,,,,,ShowText,,,,测试(> = 3.0.0),txdb.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
增强
URL https://phanstiellab.github.io/plotgardenerhttps://github.com/phanstiellab/plotgardener
BugReports https://github.com/phanstiellab/plotgardener/issues
取决于我
进口我 Ularcirc
建议我 nullranges
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 plotgardener_1.3.6.tar.gz
Windows二进制 plotgardener_1.3.6.zip
MacOS 10.13(高山脉) plotgardener_1.3.6.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/plotgardener
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/plotgardener
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/plotgardener/
软件包下载报告 下载统计

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  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • Bioc-devel邮件列表 - 包装开发人员2021欧洲杯体育投注开户