PMP

doi：10.18129/b9.bioc.pmp

这是发展PMP的版本；对于稳定版本，请参阅PMP。

代谢组学数据集的峰值矩阵处理和信号批校正

生物导体版本：开发（3.16）

（预 - ）处理代谢组学数据集（即峰值矩阵）的方法和工具，包括过滤，归一化，缺失值插补，缩放和信号漂移和批处理效应校正方法。过滤方法基于：缺失值的分数（跨样本或功能）；根据质量控制（QC）样品计算的相对标准偏差（RSD）；空白样本。归一化方法包括概率商归一化（PQN）和总信号强度的归一化。还提供了几种常用的几种缺失值插入算法的统一用户界面。支持的方法是：K-Nearest邻居（KNN），随机森林（RF），贝叶斯PCA缺失值估计器（BPCA），给定特征的平均值或中位数以及恒定的小值。广义对数（GLOG）转化算法可用于稳定低强度和高强度质谱特征的方差。最后，该软件包提供了用于信号漂移和基于质谱数据集的信号漂移和批处理效果校正的质量控制型样条校正（QCRSC）算法的实现。

作者：Andris Jankevics [AUT]，Gavin Rhys Lloyd [Aut，Cre]，Ralf Johannes Maria Weber [AUT]

维护者：Gavin Rhys Lloyd

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ pmp”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

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Browsevignettes（“ PMP”）

html	R脚本	代谢组学数据集的峰值矩阵处理
html	R脚本	信号漂移和批处理效果校正和质谱质量评估
html	R脚本	质谱法的信号漂移和批处理效应校正
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	批处理效应，，，，质谱，，，，代谢组学，，，，QualityControl，，，，软件
版本	1.9.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.0）
进口	统计，算，，，，pcamethods，，，，Missforest，，，，GGPLOT2， 方法，总结性特征，，，，S4VECTORS，，，，矩阵，grdevices，RESHAPE2，UTILS
链接
建议	测试，，，，COVR，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，栅格，，，，魔术
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我	代谢组工厂，，，，structToolbox
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	pmp_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	pmp_1.9.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	PMP_1.9.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pmp
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/pmp
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/pmp/
软件包下载报告	下载统计