proBatch

DOI:10.18129 / B9.bioc.proBatch

这是发展proBatch版本;稳定版请参见proBatch．

蛋白质组学中批量效应的诊断和校正工具

Bioconductor版本:开发(3.16)

这些工具便于在高通量实验中进行批效应分析和校正。它主要是为质谱蛋白质组学(DIA/SWATH)开发的，但也可以适用于大多数组学数据。该软件包包含诊断(蛋白质组/全基因组和特征级)、校正(标准化和批效应校正)和质量控制的功能。基于非线性拟合的方法也包括处理复杂的，质谱特定的信号漂移。

作者:Jelena Cuklina ， Chloe H. Lee < Chloe .h。Lee94在gmail.com>，Patrick Pedrioli

维护人员:Chloe H. Lee < Chloe .h。Lee94在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("proBatch")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	BatchEffect，MassSpectrometry，归一化，预处理，蛋白质组学，质量控制，软件
版本	1.13.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)
进口	Biobase，corrplot，dplyr，data.table，ggfortify，ggplot2grDevices,lazyeval，lubridate，magrittr，pheatmap，preprocessCore，purrr，pvca，RColorBrewer，reshape2，rlang，尺度统计数据,股东价值分析，tidyr，宠物猫，工具，utils，冬青，wesanderson，WGCNA
链接
建议	knitr，rmarkdown，devtools，ggpubr，gtable，gridExtra，roxygen2，testthat(> =魅惑,拼写
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/symbioticMe/proBatch
BugReports	https://github.com/symbioticMe/proBatch/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proBatch
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/proBatch
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/proBatch/
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