profia

doi：10.18129/b9.bioc.profia

这是发展Profia的版本；对于稳定版本，请参阅profia。

FIA-HRMS数据的预处理

生物导体版本：开发（3.16）

耦合到高分辨率质谱的流动注射分析是高通量代谢组学的一种有前途的方法。但是，FIAHRMS数据不能使用依赖液相色谱分离或仅处理低分辨率数据的当前软件工具进行预处理。在这里，我们提出了Profia软件包，该软件包实现了一种新方法，用于预处理FIA-HRMS原始数据（NetCDF，MZDATA，MZXML和MZML），包括噪声建模和注射峰重建，并生成峰表。工作流程包括噪声建模，频带检测和过滤，然后信号匹配和缺少值插补。然后可以将峰表作为.TSV文件导出，以进行进一步分析。评估数据质量和信号的可视化易于产生。

作者：Alexis Delabriere和Etienne Thevenot。

维护者：Alexis delabriere

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ profia”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Profia”）

html	R脚本	处理FIA-HRMS数据
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	脂质组学，，，，质谱，，，，代谢组学，，，，峰值探测，，，，预处理，，，，蛋白质组学，，，，软件
版本	1.23.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（5。5年）
执照	塞西尔
要看	r（> = 2.5.0），XCMS
进口	统计，图形，utils，grdevices，方法，pracma，，，，生物酶，，，，minpack.lm，，，，生物比较，，，，Missforest，，，，ropls
链接
建议	生物基因，，，，Plasfia，，，，尼特
系统要求
增强
URL
取决于我	Plasfia
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	PROFIA_1.23.0.TAR.GZ
Windows二进制	pria_1.23.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	PROFIA_1.23.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/profia
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/profia
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/profia/
软件包下载报告	下载统计