Quantiseqr

doi：10.18129/b9.bioc.quantiseqr

这是发展QuantiseQR的版本;对于稳定版本，请参阅Quantiseqr。

从RNA-Seq数据中量化肿瘤免疫环境

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包为Quantiseq方法提供了简化的工作流程，该方法是为了从RNA-Seq数据中执行肿瘤免疫情节的定量。对TIL10签名（解剖十种免疫细胞类型的贡献）进行定量，该特征是根据人RNA-Seq样品的集合精心制作的。使用模拟，流式细胞术和免疫组织化学数据对TIL10签名进行了广泛的验证。

作者：费德里科·马里尼（Federico Marini）[AUT，CRE]，Francesca Finotello [aut]

维护者：uni-mainz.de>的Federico Marini

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ QuantiseQr”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ Quantiseqr”）

html	R脚本	使用Quantiseqr
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，分类，，，，PersubimentHubsoftware，，，，特征提取，，，，流程仪，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，微阵列，，，，测序，，，，软件，，，，统计信息，，，，转录，，，，转录组学，，，，可视化
版本	1.5.0
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1.0）
进口	生物酶，，，，limsolve，，，，大量的， 方法，预处理，统计总结性特征，，，，GGPLOT2，，，，花花公子，，，，rlang，UTILS
链接
建议	AnnotationDbi，，，，生物使用，，，，dplyr，，，，实验室，，，，地球，，，，尼特，，，，巨噬细胞，，，，org.hs.eg.db，，，，RESHAPE2，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，蒂布尔
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我	更轻松
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Quantiseqr_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	Quantiseqr_1.5.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	Quantiseqr_1.5.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/quantiseqr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/Quantiseqr
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/quantiseqr/
软件包下载报告	下载统计