Qusage

doi：10.18129/b9.bioc.qusage

这是发展Qusage的版本；对于稳定版本，请参阅Qusage。

Qusage：基因表达的定量集分析

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包是对基因表达（Qusage）方法的定量集分析（Yaari G.等，Nucl Acids Res，2013）。这是一种新型的基因集富集型测试，旨在提供更快，更准确且易于理解的基因表达研究测试。Qusage使用Wu等人提出的方差通胀因子技术说明了基因之间的相关性。（核酸Res，2012年）。另外，Qusage不简单地评估单个数字（p值）的零假设的偏差，而是用完整的概率密度函数（PDF）量化了基因集活性。从该PDF中，可以轻松提取P值和置信区间。保留PDF还允许事后分析（例如，基因集活性的成对比较），同时保持统计周期性。最后，尽管Qusage与现有方法（例如Limma）的单个基因统计兼容，但实施了一种基于Welch的方法，该方法被证明可以提高特异性。Qusage软件包还包括（Turner Ja等人，BMC生物信息学，2015年）中所述的混合效应模型实现，以及如（Meng H等人的Plos ComputBiol。2019）所述的荟萃分析框架。如有疑问，请联系Chris Bolen（cbolen1@gmail.com）或Steven Kleinstein（Steven.kleinstein@yale.edu）

作者：克里斯托弗·博伦（Christopher Bolen）和古尔·Yaari（Gur Yaari），来自Juilee Thakar，Hailong Meng，Jacob Turner，Derek Blankenship和Steven Kleinstein的贡献

维护者：gmail.com>的Christopher Bolen

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ qusage”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Qusage”）

PDF	R脚本	运行Qusage
PDF		参考手册

细节

生物浏览	基因烯，，，，免疫学，，，，微阵列，，，，rnaseq，，，，软件
版本	2.31.0
在生物导体中	Bioc 2.13（R-3.0）（8。5年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 2.10），林玛（> = 3.14），方法
进口	utils，生物酶，，，，nlme，，，，Emmeans，，，，FFTW
链接
建议
系统要求
增强
URL	http://clip.med.yale.edu/qusage
取决于我
进口我	mexplorer
建议我	西格克
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	qusage_2.31.0.tar.gz
Windows二进制	qusage_2.31.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	qusage_2.31.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qusage
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/Qusage
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/qusage/
软件包下载报告	下载统计