重新甲基化

doi：10.18129/b9.bioc.Recountmethylation

这是发展重新甲基化的版本；对于稳定版本，请参阅重新甲基化。

访问和分析公共DNA甲基化阵列数据汇编

生物导体版本：开发（3.16）

使用Illumina的Infinium Human-Methylation 450K（HM450K）和甲基化（EPIC）平台生产的NCBI GEO回购的公共DNAM阵列数据的跨研究资源。提供的功能启用了大型汇编文件的下载，摘要和过滤。Vignettes详细介绍有关文件格式，示例分析等的背景。请注意包装负载上的免责声明，并查阅主要手稿以获取更多信息。

作者：Sean K Maden [Cre，Aut]，Brian Walsh [aut]，凯尔·埃洛特[aut]，Kasper D Hansen [AUT]，Reid F Thompson [AUT]，Abhinav Nellore [aut]

维护者：Sean K Maden

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ recountmethylation”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“占甲基化”）

html	R脚本	数据分析
html	R脚本	确定DNAM阵列的人口祖先
html	R脚本	最近的邻居分析DNAM阵列
html	R脚本	DNAM阵列的功率分析
html	R脚本	重新甲基化用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，表观遗传学，，，，实验室，，，，甲基化array，，，，微阵列，，，，软件
版本	1.7.1
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 4.1）
进口	Minfi，，，，HDF5Array，，，，RHDF5，，，，S4VECTORS，utils，方法，rcurl，，，，r.utils，，，，Biocfilecache，，，，Illuminahumanmethylation450Kmanifest
链接
建议	尼特，，，，测试，，，，GGPLOT2，，，，栅格，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，基因组机，，，，林玛，，，，实验室，，，，AnnotationHub
系统要求
增强
URL	https://github.com/metamaden/recountmethylation
BugReports	https://github.com/metamaden/recountmethylation/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	ReCountmethylation_1.7.1.tar.gz
Windows二进制	重新甲基化_1.7.1.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	重新甲基化_1.7.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recountmethylation
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/重新甲基化
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/recountmethylation/
软件包下载报告	下载统计